LTR预测和插入时间预测方法 LTR又叫长末端重复，顾名思义，其插入的位置比较有特点，就是两端会有几乎同样的重复序列。同时，插入片段的3端精确而稳定，但是5端是高度可变的。因此可以根据LTR两端的序列的差异，进行LTR插入时间评估。http://events.jianshu.io/p/a254c443b036

渐渗杂交形成的机制： 渐渗杂交的发生机制的探讨有这样的一些观点： 回交，杂种只能与亲代之一反复回交。由下述原因引起：

  • 自然环境变化或人为原因是的某一物种数量锐减而增加了同亲缘关系很近的丰富物种交配的可能，使得杂交后代同大于数量的亲本交配的机会增加。
  • 杂种只生活于一个亲本的一侧，而不生活于另一侧，只能同其中一个亲本回交。

在阅读7个杨树之间杂交渐渗文章中总结： 包括植物科学最前沿公众号中所讲到的，自然选择、物种群体历史及重组率等多个不同因素交互作用共同决定渐渗位点的命运。

  • 自然选择：杂交渐渗后有害的稳点会被去除。
  • 物种群体历史：有效群体大的物种，种群基数大中存在的变异数量也会多，多有渐渗的位点要和很多变异去竞争，所以在有效种群大的种群中渐渗位点难以保留，而有效种群小的种群中，由于种群基数小，该位点产生的变异也少，所有竞争小，容易保留。
  • 重组率：渐渗易发生在重组率高的区域。 doi:10.1093/molbev/msac008 渐渗分析工具： TWISST:https://github.com/simonhmartin/twisst DSUITE ABBA-BABA WINDOWS Dfoil:https://www.github.com/jbpease/dfoil https://www.jianshu.com/p/f87155c43624 越古老的渐渗片段通过重组和自然选择会越来越短，通过渐渗区域的长短可以判断基因流的时期。