test

test

test

test

test

genomecov — bedtools 2.30.0 documentation

测序深度的计算，你真的掌握了吗 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)

samtools与bedtools计算深度不一样，samtools会过滤flag 365的read，而bedtools会全部统计。

samtools -aa 计算结果会与samtools depth计算结果不一样，会小

查阅资料发现samtools depth -aa会计算布覆盖的基因组，比方说Gentiana达乌里秦艽参考，会包括2718等